Det beror på hur du satt upp servern. Om du kör PHP, och har tillräckliga rättigheter, kan du prova att på serversidan ha ett skript som gör <?php system("CMD /C C:\\Någon\\fil.bat"); ?> (dubbel backslash är för escaping) och sedan vid knapptryckning sätta upp en XMLHttpRequest mot skriptet.
Simon
Är det möjligt att köra en batfil på en server om t.ex. någon klickar på en knapp på en hemsida som körs på servern?